특명! 도이 선생님을 구하라! 닌자학교 선생님인 도이 한스케가 타소가레도키성의 닌자, 손나몬의 도전장을 받고 결투를 하러 간 후 실종된다. 야마다 선생님과 6학년 견습 닌자들은 도이 선생님을 찾아 나서고, 1학년 키리마루는 우연히 도이 선생님의 행방에 대해 알게 된다. 한편, 도이 선생님을 찾던 6학년 견습 닌자들 앞에 도쿠타케 닌자대의 군사, 텐키가 그 모습을 드러내는데… 텐키의 정체는 바로… 도이 선생님? 도이 선생님을 구하려면 모두가 힘을 합쳐야만 한다!